El 28 de junio de 1945 es la fecha en que se fundó el Club de Fútbol Monterrey. Encabezados por Enrique Ayala, Paul C. Probert y Ramón Cárdenas Coronado.

El primer juego del naciente club fue el 19 de agosto de 1945 en el parque de Béisbol Cuauhtémoc, donde venció 1-0 a San Sebastián de León con gol de Jose "Che" Gómez.

La siguiente jornada, el Moctezuma goleo 6-0 al Monterrey.

En camino a la ciudad de Guadalajara, para enfrentar su cuarto partido el equipo sufrió un accidente, el autobús en el que viajaban se volcó e incendió la noche del 15 de septiembre de 1945, muriendo Guillermo Cuadros Vidal y Milton Lizano, mientras los otros jugadores quedaron imposibilitados para jugar, teniendo los demás club que prestar jugadores para no tener que retirarse de la liga.
Tras el accidente, el equipo perdió sus siguientes 6 partidos de manera consecutiva. Al finalizar su primera temporada profesional había recibido 133 goles en contra, resaltando la peor goliza en la historia del club, que fue de 14-0 frente al Veracruz el 26 de mayo de 1946.

En 1952, siendo Carlos Canseco el presidente de la Asociación del Fútbol en Nuevo León, surge de nuevo el Monterrey. Pero en está ocasión jugando en la Segunda División durante 4 torneos, apartir de la temporada 1952-1956.
Reaparece en el máximo circuito el 8 de julio de 1956 perdiendo ante el Zacatepec 2-1. Su regreso no fue exitoso y fue hasta la jornada 10 cuando consigue su primera victoria ante el Oro por marcador de 2 goles a 0.

Después de una mala campaña vendría el descenso con 15 puntos, uno menos que el Zacatepec. Concluyendo así una segunda época en la Primera División Profesional.

En la temporada 1959-60 vuelve a ser campeón en la Segunda División, y una vez más regresa al máximo circuito. Iniciaría el 3 de julio de 1960 su primer partido perdiendo 2-0 de visitante ante el Guadalajara.

En el torneo 1960-61, apenas pudo librar el descenso.
En el torneo 1973-74 fue la temporada con más puntos en la historia del club, al sumar 48 puntos quedando eliminado en semifinales por el Atlético Español.

En 1974 nacería una nueva rivalidad para el equipo Monterrey con el ascenso de los Tigres de la UANL, que se enfrentaron por primera vez el 13 de julio de 1974, empatando a 3 goles.

El 1 de marzo de 1986 los rayados del Monterrey conseguirían su primer título en la Primera División Profesional en el torneo México 86 al vencer en el partido de vuelta y en tiempos extras al Tampico-Madero en el Estadio Tecnológico para finalizar 3-2 en el marcador global. 
Los goles fueron por conducto de Reinaldo Güeldini y Francisco Javier "El abuelo" Cruz, quien terminó como campeón de goleo esa temporada.
Cabe mencionar que en ese torneo solo se jugaron 2 grupos y sin descenso.
Vendría más tarde un título de Copa. El 8 de septiembre de 1991, cuando apenas llegaba Miguel Mejía Barón al timón Rayado, el club ganaría la extintaCopa México al vencer al Cobras de Ciudad Juárez 4 goles a 2, con dos anotaciones de Germán Martelloto y otras dos de Guillermo Vásquez.

Ese título les valió participar en el Torneo de la Recopa de CONCACAF y en 1993 se coronaron en Los Angeles, California venciendo al Luis Angel Firpo de El Salvador, el 1 de agosto. El marcador final fue de 4-3.

En el Campeonato del torneo Clausura 2003, el club consigue su segundo título de liga, el cual ganó el 14 de junio de 2003 como visitante ante el Club Monarcas Morelia de Michoacán por marcador global de 3 goles a 1.

El Monterrey ganó el título Apertura-2009 al vencer de visitante el 13 de Diciembre 2-1 a Cruz Azul, quedando el marcador global 6-4.
Aldo de Nigris, hermano del fallecido jugador Antonio de Nigris abrió el marcador al minuto 54; Alejandro Castro igualo el marcador parcial; pero Humberto Suazo le dio el tiro de gracia al equipo cementero al minuto 90.

Esta es la tercera ocasión que Cruz Azul pierde una final en un lapso de dos años.
Monterrey termina el torneo de Apertura 2010 en segundo lugar de la tabla general con 32 unidades; en la liguilla su primer rival fue Pachuca, quien tras un empate global de 4 goles los Rayados avanzan a semifinales por mejor posición en la tabla.

En semifinales se mide ante los Pumas de la UNAM, con un marcador de 2-0, el equipo Monterrey logra pasar a la final. Tocaría entonces el turno de enfrentar a Santos Laguna, quien había clasificado a la liguilla como tercero en la tabla general, el resultado del primer partido termino con ventaja para el Santos Laguna de 3-2, pero el partido de regreso jugado en el Estadio Tecnológico, el partido culmino con a favor de los Rayados 3-0, con un global de 5-3, con lo cual el equipo regiomontano de la mano de Victor Manuel Vucetich, técnico que final que llega, final que ganó; conseguirían su cuarto título del fútbol mexicano.

Campeón de CONCACAF Liga de Campeones 2010-11. El 20 de abril del 2011 jugo la final de ida en el estadio Tecnológico empatando a 2-2 con elReal Salt Lake de los Estados Unidos. El partido de vuelta se jugaría el 27 de abril en el Río Tinto Stadium, la cual gano 
Monterrey con marcador 1-0. Con este título el equipo consigue su segundo campeonato internacional oficial.

Copa Mundial de Clubes de la FIFA 2011, al ganar CONCACAF, el Monterrey participa en el mundial de clubes 2011. Luego de ser eliminados de la fase de cuartos de final, en el último partido Monterrey vence 3-2 al Espérance de Túnez, actual campeón de África y consigue un quinto lugar.

Víctor Manuel Vucetich, vio cortada su racha perfecta en finales como entrenador, tras ser derrotado por Santos 2-1 (global 3-2) en el torneo de Clausura 2012.

Campeón de CONCACAF Liga de Campeones 2011-12, Monterrey defendía la corona como vigente campeón. El 18 de abril del 2012 Monterrey alcanzó la final por segunda vez consecutiva. El equipo a enfrentar fue Santos Laguna, en el primer partido el Monterrey vence a Santos 2-0, en el partido de vuelta fue el equipo Santos quien lo ganara 2-0 y con esto se iban a tiempos extras, y al minuto 82 con gol de Neri Cardozo le daba el título a Monterrey por marcador de 3-2.

Copa Mundial de Clubes de la FIFA 2012, por segunda vez consecutiva el Monterrey asistía a este torneo. Monterrey vence al campeón de Asia, el Ulsan Hyundai de Korea del Sur por 3-1. Ya en semifinales caería ante el Chelsea 1-3. Pero obtiene el tercer puesto al derrotar al campeón de África, el Al Ahly de Egipto 2-0.

Apertura 2012, Monterrey logra clasificar a la liguilla al ser el séptimo lugar con 23 puntos. El equipo a enfrentar fue Tijuana, segundo lugar de la tabla general y a la postre campeón del torneo.

Campeón de CONCACAF Liga de Campeones 2012-13, Monterrey se convertiría en tricampeón de la Concacaf Liga Campeones. En esta ocasión de nueva cuenta derrotaría al Santos Laguna.

Clausura 2013, Monterrey apenas y pudo clasificar a la liguilla. A pesar de quedar en la novena posición, debido a que Querétaro, que era octavo, se despedía del fútbol al ser el equipo que desciende. En cuartos deja fuera alTigres, quien fue el líder general. En semifinales, América le ganaría 4-3 global.

El monterrey por tercera vez consecutiva logro entrar al mundial de clubes en marruecos su primer juego lo perdió con un marcador 2-1 a favor del club de raja Casablanca a pesar de esa derrota el monterrey no se echo para atrás y fue a ganar su tercer lugar con un marcador de 5-1 contra el club de al ahly…